有机产品农业实践本质上是环境可持续的。轮作和少耕等土壤建设技术可以保护土壤动植物，改善土壤形成和结构，避免水土流失。有机农业采用的许多管理做法增加了碳返回土壤，提高了生产力并有利于碳储存。土壤中保留的有机碳越多，农业减缓气候变化的潜力就越大。

使用有机肥料（例如堆肥、动物粪便、绿肥）和增加生物多样性（在栽培物种和永久性植被方面）也能增强土壤结构和水渗透，从而降低地下水污染的风险。

此外，传统和适应性强的种子和品种因其更强的抗病能力和对气候压力的适应能力而受到青睐。最后，有机田内部和周围的自然区域的维护，加上没有化学投入，可以保护野生动物的栖息地。

同时，有机产品农业不一定对每个产品单位的环境产生积极影响。产量差异可能在 5% 到 34% 之间。如果欧洲试图完全通过有机农业（不断消耗）来养活自己，它将需要额外的 100 万公顷土地。在气候影响和温室气体(GHG) 排放方面，有机牛奶、谷物和猪肉生产每单位产出产生的温室气体排放量高于传统替代品。然而，当在有机系统多样化中应用复种和作物轮作时，这些做法大大减少了与非有机管理做法的产量差距，约为 9%。

另一方面，偏爱有机产品的消费者也更具环保意识，可能有更可持续的饮食习惯，少吃肉，因此对高土地消耗和温室气体排放的贡献较小。