虽然有有机产品的可持续性已被普遍接受，但其对健康和营养的益处仍存在广泛争议。（有机）杀虫剂的使用和有机种植作物中可能存在的残留物也引起了很多关注。一个困难在于，在评估现有研究的结果时，至少同时处理了三个不同的方面：
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营养成分的差异；
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对人体健康的好处
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对环境的影响。
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从严格的营养角度来看，科学家们发现有机产品没有什么优势。2012 年，一项对 240 项研究的深入审查发现，有机食品的营养并没有明显高于传统种植的食品。对于营养专家来说，关于有机农产品益处的无休止争论只是分散了他们对眼前真正问题的注意力，即大多数欧洲人没有达到世界卫生组织 (WHO) 对每日蔬菜摄入量的建议和任何类型的水果——每天约 400 克——这是一个更紧迫的问题。
从健康的角度来看，有机产品的农药残留水平较低，2014 年的一项最新研究表明，有机种植的农作物农药残留较少，抗氧化剂含量高出 20% 至 40%。然而，抗氧化剂是否可以改善人类健康尚不清楚，它们的确切作用仍在争论中。
从环境的角度来看，从业者断言购买有机食品的最佳理由是为了降低影响和可持续生产价值，并且任何营养益处都应该被简单地视为“奖励”。
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