药食同源决明子提取物归因于化学物质obtusin、大黄酚和aurantio-obtusin。这些化学物质还会引起一些副作用和健康问题。一些副作用包括 ：
肠易激综合症 (IBS) 是一种胃肠道疾病，会引起腹胀、腹痛、胃胀气和痉挛等症状。患有腹泻和其他消化相关问题的人也应该尽量避免使用这种提取物。气虚及便溏者亦忌服。它会导致痛苦的不自主肌肉收缩和恶心。
银屑病
虽然它对皮肤有一些好处，但一段时间后，这种提取物会导致皮肤上形成发痒和干燥的斑块。这可能是由于过敏性皮肤反应和皮肤刺激引起的。补丁可以在一段时间后出现和消失。
低血压
药食同源决明子提取物不适合服用降压药的人，因为它降低血压的能力对个人既有益又有害。
低血糖
决明子提取物可降低血糖，尤其是在服用糖尿病药物的人群中。这些药物包括胰岛素、格列本脲、氯磺丙脲和格列美脲。
怀孕和哺乳
缺乏关于孕妇和哺乳期妇女食用药食同源决明子提取物的安全性的信息。孕妇应避免使用这种提取物，因为它有可能导致子宫收缩。一项研究发现，决明子会导致雌性大鼠不育，但其对人类的影响尚不清楚 。
肝损害
由于其化学成分，大量服用决明子提取物会伤害肝脏，尤其是对于患有肝脏疾病的人。服用对乙酰氨基酚或其他可能损害肝脏的药物的人应该服用少量的这种补充剂。
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