经过认证的有机食品可以通过化学诱变进行基因改造（将种子浸泡在改变 DNA 的化学物质中，从而对数十万个基因产生大规模、随机的变化）。

经过认证的有机产品可以通过辐射诱变进行基因改造：用高强度伽马辐射对植物或其种子进行爆破以改变 DNA。

经认证的有机食品不能通过顺基因或转基因基因添加进行基因改造（例如，从胡萝卜中提取可产生维生素 A 的基因并将其放入大米中，从而使大米产生维生素 A）。

在美国，经过认证的有机产品可以通过 CRISPR/cas9 基因沉默（关闭基因以防止其表达）进行基因改造。在其他一些国家，它不能通过CRISPR/cas9 基因沉默进行修改。

可以通过杂交从其他植物中添加基因来修改经过认证的有机食品，只要基因添加不是以精确定制的方式进行即可。在反转基因方法中科学素养较低的部分有一个奇怪的神话，即杂交不会改变植物的 DNA；例如，一位著名的反转基因 Quora 用户反复说过这一点，这让我相信很多人并不真正理解“混合”是什么。